在科技部、基金委、教育部和北京大学的支持下，人工微结构和介观物理国家重点实验室得到不断发展，科研攻关和承担国家重大科研任务的能力逐步提高。为了更好地凝练科研发展方向，加强创新平台建设，进一步提升重点实验室科研能力，重点实验室于2007年1月5日至6日在九华山庄召开了“十一五”科研工作研讨会。国家自然科学基金委、学校科研部、985/211办公室和物理学院的有关领导出席了会议。

研讨会上，重点实验室主任龚旗煌教授首先做了实验室工作报告。他介绍了2005年重点实验室评估情况、总结了近年来科研工作所取得的成绩、经验和存在的不足。戴伦、张国义、俞大鹏、吕劲、季航、蒋红兵、李焱、龚旗煌分别介绍了各研究组的进展和下一步工作目标。重点实验室学术委员会主任甘子钊院士回顾了实验室的发展历程，提出了“十一五”期间科研工作的重点领域和工作思路。校长助理朱星教授在总结发言中肯定了实验室取得的成绩，同时也对实验室的进一步发展提出了更高的要求。

2006年重点实验室承担了多项重大、重点项目，包括由龚旗煌教授任首席科学家的一项973项目，李焱教授任首席科学家的一项国家重大科学研究计划项目，分别由欧阳颀、蒋红兵、俞大鹏教授负责的三项国家自然科学基金重点项目，还承担了5项863课题和10项国家基金委面上项目。通过会议的交流和研讨，大家明确了优势和不足，并表示在“十一五”期间要进一步发挥多学科之间的交叉融合，在科研创新和服务国家重大需求等方面取得更好的成绩。